Zrak se odvodi sa svih dijelova i uređaja postrojenja u kojima dolazi do stvaranja neugodnih mirisa, ili zagađenja te se prije ispuštanja u atmosferu obrađuje preko sustava biofiltera.

Obrada biofilterom je aerobni biološki proces kojim se postiže smanjenje neugodnih mirisa i uklanjanje drugih bio-aeorosola pomoću mikroorganizama koji su prisutni u tijelu biofiltera. Oni nizom reakcija metaboliraju većinu organskih spojeva te tako pročišćavaju ispušni zrak.

Biofilter na MBO postrojenju je dimenzioniran sukladno kapacitetu svake od linija za biološku obradu otpada.